A tudományos kutatási, fejlesztési, innovációs tevékenység másik  szintje az innovációs K+F műhelyekben folyik. Ezek a 2005-ben megalakult Kandó Technológia Transzfer Központ (KTTK)  felügyelete és koordinálása mentén működnek. Feladatuk elsősorban konkrét K+F munkák, alkalmazott kutatási tevékenység végzése, melyek anyagi  forrása a cégek innovációs adója.
A műhelyek a következők:

• Energetikai kutató műhely
  Vezetője: Dr. Kádár Péter
• Integrált irányítástechnika műhely
  Vezetője: Dr. Vajda István
• Elektronikus rendszerek műhely
  Vezetője: Dr. Turmezei Péter
• Mérés-automatizálási rendszerek műhely
  Vezetője. Dr. Schuster György
• Infokommunikációs rendszerek műhely
  Vezetője: Dr. Maros Dóra